A veces al grabar imágenes ISO en un pendrive se hace un particionado nuevo que a la larga puede que no nos interese en un futuro.

Con estas órdenes hacemos una sóla partición y la formateamos a ntfs ó fat32.

Abrimos C:\WINDOWS\system32\cmd.exe con botón derecho/ejecutar como administrador, ó la combinación de teclas Win+R.

Una vez en el símbolo del sistema escribimos: 

>diskpart 
>list disk

-NOTA: aseguraros de que número es el pendrive mirando los GB de este porque lo vais a formatear.

>select disk 1  (ejemplo)  (número de tu pendrive según el listado anterior 1,2,3,etc) 
>clean 
>create partition primary 
>format fs=NTFS quick 
>assign 
>exit